Scan den Kram schwarz-weiß (heißt auch manchmal Strichgrafik) ein und nicht in Graustufen, dann kannst Du schon beim Scannen den Schwellenwert einstellen, ab welchem Grauwert eine Linie noch mit gescannt wird und wann nicht mehr. Dann kannst Du später noch störende Reste wegretuschieren. Stelle außerdem mind. 600 dpi ein, den Wert kannst Du nach dem Wandeln in RGB und Einfärben auch wieder runterschrauben. Die hohe Auflösung brauchst Du erstmal, daß krumme Linien keine starken "Treppen" bekommen, denn die Grauwerte fehlen ja erstmal.
Vor dem Scannen noch den Bleistift wegradieren oder "einfach" nochmal sauber durchpausen.
Je nach Grafikprogramm kannst Du aber auch in der Nachbearbeitung noch was reißen, z.B. über Filter, Grenzwerte, Gradiationskurven biegen oder was auch immer. Da gibt es aber keine Patentrezept und Du mußt damit ein bißchen rumprobieren.
Oder Du arbeitest mit einem Grafiktablett entsprechend nach.
Das ist alles aber insgesamt mehr Fummelei als direkt eine saubere Zeichnung zu erstellen und sauber einzuscannen.