Hallo Hiller,
es kommt stark darauf an, welchen Verwendungszweck Du hast.
Fürs Internet gibt es PNG und Gif: Wie Miguel schon sagte, gibt es bei Gifs nur transparent oder nicht-transparent. Und ein richtig sauberes Gif erfordert ein wenig Fleißarbeit, da es ironischerweise besser ist, das nicht über die "für web speichern"-Funktion im Photoshop zu machen, sondern über die "Gif-exportieren"-Funktion. Da kann man nämlich die Farben mit einer Pipette aufnehmen, die hinterher transparent sein sollen. Da aber noch viele Schritte vorher zu beachten sind, schau ich mal, ob ich irgendwo ein Tutorial finde. Aber auch für die Auswahl der Transparenz gibt es schon genug zu beachten, wie man hier lesen kann:
http://www.roflweb.de/webgrafik-46.html
Im Unterschied zu Gif ist das PNG-Format für jeden Pixel in der Lage zu speichern, wieviel vom Hintergrund durchscheinen soll. Damit sind also Halbtransparenzen und Schlagschatten möglich.
Falls Du die Transparenz fürs Internet brauchst, lohnt sich auch die Überlegung, ob die Transparenz wirklich sein muss. Wenn Du beispielsweise einen einfarbigen Hintergrund auf der Webseite hast, dann kannst Du dem gewünschten Bild genau mit dieser Farbe den Hintergrund einfärben, als Jpg speichern, fertig. Spart viel, viel Arbeit. Funktioniert aber nicht wirklich mit Kacheln oder Verläufen als Hintergrundbilder der Webseite.
Falls Du einfach nur die Datei so abspeichern möchtest, dann speicher als PSD-Datei. Das ist das photoshop-interne Format, womit aber auch jedes andere Grafikprogramm zurecht kommt. Das behält wirklich alles (nicht nur Transparenzen) bei.